Markus Uusitalo aloitti uransa FC Hongassa ja hän pääsi ensimmäisen kerran edustamaan Honka Akatemiaan kaudella 2014. Espoosta maalivahti siirtyi Vaasan Palloseuraan, jossa peliaikaa Veikkausliigasta ei kuitenkaan vielä irronnut. Uusitalo sai peliminuutteja kaudella 2015 Kakkosen vaasalaisseurassa FC Kiistossa. Vuoden Vaasassa pelaamisen jälkeen Uusitalo siirtyi HJK:hon, jossa Uusitalo voitti kaksi Suomen mestaruutta kausilla 2017 ja 2018. Peliaika oli HJK:ssa vaihtelevaa ja Uusitalo pelasi neljän kauden aikana enimmillään 12 Veikkausliigaottelua kaudessa. 

Viime kaudeksi maalivahti palasi kasvattajaseuransa FC Hongan vahvuuteen. Uusitalo pelasi viime kaudella espoolaisten riveissä kuusi Veikkausliigaottelua ja neljä Suomen Cupin ottelua. Maalivahti on lunastanut harjoituskaudella itselleen ykkösmaalivahdin paikan aloittaen kaikki viisi Suomen Cupin ottelua HIFK:n maalilla. 

Uusitalo on uuteen kauteen lähtiessä pelannut yhteensä 31 Veikkausliigaottelua. Nuori maalivahti on päässyt urallaan edustamaan Suomen U18-, U19- ja U21-maajoukkueita. Tammikuussa 2016 Suomen jalkapallomaajoukkueen silloinen päävalmentaja Hans Backe nimesi Uusitalon harjoitusotteluihin Ruotsia ja Islantia vastaan, mutta hän ei päässyt kentälle noissa otteluissa. 

Uusitalo on todistanut otteillaan kuuluvansa Veikkausliigatasolle. Saappaat ovat Arnold Origin lähdön jälkeen suuret täytettäviksi, mutta nuorella maalivahdilla on kaikki potentiaali nousta tähtirintojen uudeksi tähtimaalivahdiksi kaudella 2021.