Keaton Isaksson aloitti jalkapallon IF Sibbo-Vargarnassa. Lisäksi hän pelasi juniorina FC Futurassa ja PK Keski-Uusimaassa. Isaksson murtautui PKKU:n edustusjoukkueeseen Kolmosen kaudelle 2012 18-vuotiaana. Ensimmäiset Kakkosen pelit hän pelasi samassa joukkueessa heti seuraavalla kaudella. Isaksson vaihtoi joukkuetta kaudeksi 2014 Ykköseen FC Viikinkeihin, joissa otteluita kertyi 11. Ykkösen kauden jälkeen miehelle avautui mahdollisuus vuoden 2015 talvella liittyä HIFK:n harjoituskokoonpanoon. Lopulta Isaksson päätyi tekemään sopimuksen HIFK:n yhteistyöseuran IF Gnistanin kanssa. Yhteistyön kautta Isaksson teki HIFK:ssa Veikkausliigadebyyttinsä heinäkuussa 2015. 

Pääkaupunkiseutu sai jäädä kaudeksi 2016, jolloin miehen joukkueeksi valikoitui Ykkösessä pelannut EIF. Tammisaaressa vietetyn kauden jälkeen suunnaksi tuli ensimmäinen ja tähän mennessä ainut ulkomaan visiitti Ruotsin kolmanneksi korkeimmalle sarjatasolle IFK Luleån. Luleåssa Isaksson oli kaudella 2017 joukkueensa paras maalintekijä kuudella täysosumalla. Ura jatkui tämän jälkeen Veikkausliigassa sekä PS Kemin että IFK Mariehamnin paidassa.

PS Kemissä meni kauden 2018 alkupuolisko ja IFK Mariehamnissa kaksi ja puoli kautta. Kaudella 2019 Isaksson iski oman Veikkausliigan maaliennätyksensä, joka on kuusi maalia.

Viime kaudeksi mies meni SJK:n riveihin, mutta peliaikaa tuli 14 ottelussa hyvin vaihtelevasti. Kokonaisuudessaan Isaksson on pelannut urallaan 73 Veikkausliigaottelua tehden niissä 11 maalia. Isaksson aloitti Suomen Cupissa neljä ottelua avauskokoonpanosta. Isaksson on erittäin monipuolinen pelaaja ja hän voi pelata monella eri pelipaikalla sekä keskikentällä että hyökkäyksessä.